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劉秀佩服他的膽識，認(rèn)為他與眾不同。

不久，馬援隨劉秀南巡，先到黎丘，后轉(zhuǎn)到東海。南巡歸來，劉秀又以馬援為待詔，日備顧問。馬援要回西州時，劉秀派太中大夫來歙持節(jié)相送，畢竟要讓隴右歸附，排場搞大些也是應(yīng)該的。

馬援回來后，隗囂詢問東方的傳言和在京師的得失。

馬援道：“前次到朝廷，陛下多次接見我，每次與其在宴間談話，從夜談到清晨，陛下的才能勇略，不是別人所能匹敵的，且坦白誠懇，無所隱瞞。胸懷闊達(dá)而有大節(jié)，大抵與高帝（劉邦）相同，而其經(jīng)學(xué)之淵博，處理政事和文章辭辯，在前世無人可比?！?

隗囂又問：“陛下比高帝怎樣？”

馬援回答：“不如。高帝上天入地，無所不能為；而當(dāng)今陛下喜愛政事，處理政務(wù)能恰如其份，又不喜歡飲酒?！?

隗囂心里不高興，說：“像你這樣說，陛下倒勝過高帝了?！痹掚m如此說，隗囂到底還是相信馬援。他同意歸漢，派長子隗恂到洛陽去做人質(zhì)。

馬援?dāng)y家屬隨隗恂到洛陽，數(shù)月都沒有被任命職務(wù)。他發(fā)現(xiàn)三輔地區(qū)土地肥沃，原野寬廣，而自己帶來的賓客又不少，于是便上書劉秀，請求率領(lǐng)賓客到上林苑去屯田。光武帝答應(yīng)了他的請求。

此時，隗囂聽信了部將王元的挑撥，想占據(jù)隴西，稱王稱霸，因而對漢朝存有二心，處事狐疑。

馬援見狀，多次寫信，好意相勸。

隗囂怨恨馬援，認(rèn)為他背離自己，見到信后愈發(fā)惱火，后來竟起兵抗拒朝廷。

馬援上書劉秀，陳述消滅隗囂的計策。

劉秀采納馬援的計策，令他率突騎五千，游說隗囂的將領(lǐng)高峻、任禹等人以及羌豪，陳述利害禍福，分化瓦解隗囂集團(tuán)。

馬援又寫信給隗囂部將楊廣，陳說利害，希望他能歸附漢朝并勸諫隗囂懸崖勒馬，楊廣沒有答復(fù)。

建武八年（32年），劉秀親征隗囂。

軍隊行進(jìn)到漆縣，不少將領(lǐng)認(rèn)為前途情況不明，勝負(fù)難卜，不宜深入險阻，劉秀也猶豫不定，難下決心，正好馬援奉命趕來。

劉秀連夜接見，并將將領(lǐng)們的意見告訴馬援，征詢他的意見。

于是，馬援說出了自己的看法，他認(rèn)為隗囂的將領(lǐng)已有分崩離析之勢，如果乘機(jī)進(jìn)攻，定獲全勝。

說著，他命人取些米來，當(dāng)下在光武帝面前用米堆成山谷溝壑等地形地物，然后指點山川形勢，標(biāo)示各路部隊進(jìn)退往來的道路，其中曲折深隱，無不畢現(xiàn)，對戰(zhàn)局的分析也透徹明白。劉秀大喜道：“敵虜已在我眼中了。”

遂決意進(jìn)軍，第二天，光武帝揮軍直進(jìn)，抵達(dá)高平第一城。

當(dāng)時，涼州牧竇融率河西五郡（指敦煌、酒泉、張掖、武威、金城）太守及羌、小月氏等步騎數(shù)萬、輜重車五千輛與劉秀會合，分?jǐn)?shù)路攻隴。

隗囂大將十三人及部眾十萬余人不戰(zhàn)而降，隗囂逃至西城，援隴蜀軍李育、田弇逃至上邽。

漢軍占領(lǐng)了天水的16座屬縣，劉秀派吳漢、岑彭圍西城，派耿彝圍上邽，至此，隗囂軍主力基本上被漢軍消滅，

若是沒有馬援這個之前在隗囂麾下?lián)谓椀聦④姟㈩H受器重之人劉秀身旁，那劉秀平定隴右興許也沒有這么大的勝算。

聶有回憶起他以前在史書上看到的這些，感慨道：“馬援將軍如此盡心盡力的幫劉秀，可最后卻落得個如此下場，正如陛下對陸伯言陸都督那般，

即便是陸都督為陛下立下取荊州、在夷陵大破蜀軍，解了吾國的滅頂之災(zāi)，可還是落得個憤恚致卒的下場，哎，自古以來君心皆是難測啊！”