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左右中又有人道：“陸都督是因?yàn)檫^度參與了陛下的“家事”才招致子侄皆被流放的禍?zhǔn)碌模R援將軍則是因?yàn)樵诔羞^于耿直而得罪了太多的人?。　?

馬援關(guān)心國事，遇到該說的話，從不隱飾回避，得罪了朝中的不少權(quán)貴，

他在隴西時，發(fā)現(xiàn)幣制混亂，使用不便，就上書給朝廷，提出應(yīng)該像過去一樣鑄造五銖錢。

朝廷把他的建議提交三府審議，三府奏明劉秀，認(rèn)為馬援的建議不可行，這事就擱置起來了，顯然是動了朝中有些人的利益。

后來，馬援回朝，馬上就去找回了自己的奏章，見奏章上批有十幾條非難意見，便依據(jù)情理加以駁正解釋，重新寫成表章上奏。劉秀見他言之有理，采納了他的意見，天下從此得益很多，可多朝中的權(quán)貴卻是少了些利益。

聶有望著這有些破敗的伏波將軍廟道：“就算馬援在任隴西太守之時，還親冒留矢，將腿肚子都射穿了，可即便是如此，到了該動他的時候，劉秀也會像陛下對付陸都督一般不會有絲毫手軟，念及往日情分的?！?

從新朝末年開始，塞外羌族不斷侵?jǐn)_邊境，不少羌族更趁中原混亂之際入居塞內(nèi)。金城一帶屬縣多為羌人所占據(jù)。來歙就此事上書，說隴西屢有侵?jǐn)_禍害，除馬援外，無人能平。

建武十一年（35年），劉秀任命馬援為隴西太守。

馬援派步騎三千在臨洮擊敗先零羌，斬首數(shù)百人，獲馬牛羊一萬多頭。

守塞羌人八千多，望風(fēng)歸降。當(dāng)時，羌族各個部落還有幾萬人在浩亹占據(jù)要隘進(jìn)行抵抗，馬援和揚(yáng)武將軍馬成率兵進(jìn)擊，羌人將其家小和糧草輜重聚集起來在允吾谷阻擋漢軍。

馬援率部暗中抄小路襲擊羌人營地，羌人見漢軍突如其來，大驚，遠(yuǎn)遠(yuǎn)地逃入唐翼谷中。馬援揮師追擊，羌人率精兵聚集北山堅守。

馬援對山擺開陣勢佯攻，吸引敵人，另派幾百名騎兵繞到羌人背后，乘夜放火，并擊鼓吶喊。

羌人不知有多少漢軍襲來，紛紛潰逃。馬援大獲全勝，斬首千余級。

但因?yàn)楸?，沒有窮追敵人，只把羌人的糧谷和牲畜等財物收為漢軍所有。

此戰(zhàn)，馬援身先士卒，飛箭將其腿肚子都射穿了。劉秀得知后，派人前往慰問，并賜牛羊數(shù)千頭。馬援像往常一樣，又把這些都分給了部下。

當(dāng)時，金城破羌以西，離漢廷道途遙遠(yuǎn)，又經(jīng)常發(fā)生變亂，不好治理。

朝廷大臣商議，要把該地區(qū)舍棄，馬援持不同意見，他提出了三條理由：第一，破羌以西的城堡都還完整牢固，適于固守；第二，那地方土地肥沃，灌溉便利；第三，假如舍棄不管，任羌人占據(jù)湟中，那么，以后將有無窮的禍患。

劉秀聽從了他的意見，命武威太守把從金城遷來的三千多客民全都放回原籍。馬援又奏明朝廷，為他們安排官吏，修治城郭．建造工事，開導(dǎo)水利。鼓勵人們發(fā)展農(nóng)牧業(yè)生產(chǎn)，郡中百姓從此安居樂業(yè)。

馬援還派羌族豪強(qiáng)楊封說服塞外羌人，讓他們與塞內(nèi)羌族結(jié)好，共同開發(fā)邊疆。