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11號(hào)一行人搭乘深度改裝的遠(yuǎn)洋漁船“信天翁號(hào)”，從北極撤離點(diǎn)出發(fā)前往紐約。船體夾層藏著從冰巢實(shí)驗(yàn)室回收的聲波干擾器和電磁脈沖裝置，孩子們分工協(xié)作，馬克斯和艾拉搭建臨時(shí)加密通訊基站，確保航行中的信息安全；伊桑與阿雅則專注于調(diào)試從紐約下水道獲取的地形數(shù)據(jù)，為后續(xù)潛入做準(zhǔn)備。

當(dāng)航行至加拿大紐芬蘭海域時(shí)，危機(jī)突然降臨。阮文雄雇傭的武裝快艇氣勢(shì)洶洶地追擊而來(lái)，企圖攔截他們的去路。凱倫操作著由破冰斧改裝的簡(jiǎn)易炮臺(tái)，果斷向敵船發(fā)起攻擊；11號(hào)則使用冷凍槍，精準(zhǔn)地凍結(jié)對(duì)方螺旋槳，使敵船失去動(dòng)力。萊昂和泰隆在了望時(shí)發(fā)現(xiàn)敵方快艇配備了聲吶探測(cè)設(shè)備，莉婭和露娜立即啟動(dòng)聲波干擾器，制造出虛假的海底地形回波，成功干擾了敵人的探測(cè)，讓“信天翁號(hào)”得以擺脫追擊，繼續(xù)向目的地前進(jìn)。

漁船在新澤西州的廢棄碼頭停靠后，眾人決定通過(guò)城市排水系統(tǒng)潛入紐約。瑪雅制作的假檢修口標(biāo)識(shí)發(fā)揮了關(guān)鍵作用，幫助團(tuán)隊(duì)避開了市政監(jiān)控。迪倫攜帶的蜂蜜燃燒彈，在狹窄昏暗的管道中充當(dāng)起應(yīng)急光源。11號(hào)偽裝成市政檢修工，借助阿雅研發(fā)的面部模擬聯(lián)絡(luò)器，順利通過(guò)了三個(gè)安檢崗哨。然而，在錯(cuò)綜復(fù)雜的下水道中，他們?cè)庥隽耸懿《靖脑斓木扌屠鲜笕骸＿@些老鼠體型龐大，眼睛閃爍著詭異的紅光。佐伊和伊桑默契配合，用改良后的麻醉弩和由蜂蜜燃燒彈改造的火焰噴射器驅(qū)趕鼠群；塞西莉亞則趁機(jī)采集樣本，經(jīng)分析發(fā)現(xiàn)這些老鼠體內(nèi)殘留著冰巢病毒的基因片段，證實(shí)了阮文雄的邪惡實(shí)驗(yàn)早已滲透到城市地下。

為了鎖定目標(biāo)，孩子們展開了情報(bào)收集工作。馬克斯和艾拉黑入市政系統(tǒng)，發(fā)現(xiàn)中央公園人工湖每周二凌晨存在異常電力輸送，這一線索指向了地下隱藏的秘密。萊昂偽裝成街頭藝人，在洛克菲勒大廈附近一邊作畫，一邊繪制建筑結(jié)構(gòu)圖；泰隆則混入建筑工人隊(duì)伍，成功獲取到地下三十層的施工圖紙。他們還得知，表面光鮮的知名生物科技公司cEo威廉·卡特，實(shí)則是阮文雄的紐約代理人，曾是中情局生化武器專家；而實(shí)驗(yàn)室安保主管莎拉·金，曾是摩薩德特工，她的機(jī)械義眼具備熱成像與穿墻透視功能，給行動(dòng)帶來(lái)巨大威脅。

11號(hào)帶領(lǐng)凱倫、塞西莉亞通過(guò)中央公園湖底的秘密通道，展開精密潛入。冷凍槍清理沿途的激光警報(bào)，瑪雅的假蜂巢偽裝成通風(fēng)管道裝飾物，迷惑監(jiān)控系統(tǒng)。露娜遠(yuǎn)程指導(dǎo)塞西莉亞破解門禁系統(tǒng)，卻發(fā)現(xiàn)需要同時(shí)驗(yàn)證三枚密鑰。進(jìn)入核心實(shí)驗(yàn)室后，威廉啟動(dòng)基因庫(kù)自毀程序，釋放出攜帶失憶病毒的機(jī)械蜂群。這些蜂群一旦攻擊成功，將使人失去記憶。11號(hào)急中生智，利用紐約地鐵隧道的金屬結(jié)構(gòu)，引導(dǎo)伊桑改裝的無(wú)人機(jī)釋放電磁脈沖，成功癱瘓蜂群。與此同時(shí)，凱倫與莎拉展開激烈的近身搏斗，憑借頑強(qiáng)的斗志和高超的格斗技巧，用破冰斧斬?cái)鄬?duì)方機(jī)械義眼線路。塞西莉亞破解實(shí)驗(yàn)室電腦，阿雅和莉婭在紐約各大新聞媒體植入虛假監(jiān)控畫面，為團(tuán)隊(duì)制造不在場(chǎng)證明，并將偽造的郵件記錄與阮文雄的犯罪證據(jù)一起發(fā)送給FbI，成功洗脫嫌疑。

撤離時(shí)，11號(hào)在威廉的保險(xiǎn)柜發(fā)現(xiàn)一張馬爾代夫海文島的地圖，標(biāo)注著“Final hive”。戴安娜的全息投影證實(shí)，阮文雄親自坐鎮(zhèn)該島，那里儲(chǔ)存著融合所有變異病毒的“神級(jí)毒株”。孩子們將實(shí)驗(yàn)室偽裝成天然氣爆炸事故現(xiàn)場(chǎng)，通過(guò)地鐵隧道分散撤離，在唐人街的中餐館會(huì)合。馬克斯展示偽造的登機(jī)記錄，確保眾人擁有完美的不在場(chǎng)證明。11號(hào)握緊海文島地圖，望著曼哈頓璀璨的夜景，遠(yuǎn)處港口一艘掛著馬爾代夫國(guó)旗的游輪上，阮文雄派出的最后殺手小隊(duì)正虎視眈眈，新的挑戰(zhàn)即將在馬爾代夫海文島展開 。