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在羅馬尼亞冰天雪地的喀爾巴阡山脈深處，一座廢棄修道院的地窖里，藏著一個(gè)見(jiàn)不得人的秘密實(shí)驗(yàn)室。某天，培養(yǎng)艙里的淡黃色營(yíng)養(yǎng)液泛起漣漪，一個(gè)蒼白的身影緩緩睜開(kāi)雙眼——這就是11號(hào)，他作為b系列克隆體量產(chǎn)計(jì)劃的初代模板，就這樣“誕生”了。博士和技術(shù)員根本沒(méi)把他當(dāng)人看，只覺(jué)得他是個(gè)能隨意擺弄的工具。博士興奮地說(shuō)他會(huì)成為“最完美的藝術(shù)品”，可這話背后，是要把他訓(xùn)練成冷酷無(wú)情的殺手。

11號(hào)剛從培養(yǎng)艙出來(lái)，就被各種折磨。技術(shù)員像對(duì)待機(jī)器一樣，往他身體里植入各種東西，還通過(guò)電擊、注射藥物等手段，給他做“認(rèn)知校準(zhǔn)”，就是想把他改造成沒(méi)有感情、只知道殺人的怪物。在槍械訓(xùn)練課上，他被迫用陶瓷匕首殺掉被說(shuō)是“叛徒”的“父親”，其實(shí)那只是博士編造的謊言，用來(lái)測(cè)試和訓(xùn)練他。后來(lái)在一次體檢時(shí)，11號(hào)發(fā)現(xiàn)技術(shù)員偷偷往他的抑制劑里加奇怪的紅色藥劑，他終于忍無(wú)可忍，奮起反抗，不僅干掉了技術(shù)員，還把實(shí)驗(yàn)室攪了個(gè)天翻地覆。逃跑時(shí)，他才知道自己的基因竟然是由五個(gè)罪犯的dNA拼起來(lái)的，地下室里還有幾百個(gè)和他長(zhǎng)得一模一樣的克隆體，這一切都讓他感到憤怒和絕望。逃出實(shí)驗(yàn)室后，11號(hào)遇到了IcA組織的戴安娜，從此他的生活變成了不斷接任務(wù)、暗殺目標(biāo)。

11號(hào)一路追查博士，找到了布拉索夫的私人診所。診所里彌漫著詭異的氣息，博士還在拿失敗的克隆體做殘忍的實(shí)驗(yàn)。11號(hào)和博士的克隆體們展開(kāi)激烈戰(zhàn)斗，過(guò)程中，他得知了一個(gè)驚天秘密：自己竟然是博士用自身基因改良的初代原型體，而普羅維登斯組織更是野心勃勃，想要用克隆體替換全球的重要人物，掌控世界。

之后，11號(hào)的任務(wù)一個(gè)接著一個(gè)，在西西里島教堂、維也納國(guó)家歌劇院這些地方，他都遭遇了克隆體的襲擊。每次戰(zhàn)斗，他都能發(fā)現(xiàn)一些新線索，原來(lái)這些克隆體和納粹以前搞的“諸神黃昏計(jì)劃”有關(guān)，而自己基因里的“懺悔基因”，還有和維托里奧家族的聯(lián)系，都成了謎團(tuán)的關(guān)鍵。

在伊斯坦布爾，11號(hào)和一個(gè)長(zhǎng)得跟戴安娜一模一樣的克隆體d - 11打得不可開(kāi)交。這場(chǎng)戰(zhàn)斗讓他知道了自己和戴安娜之間有著驚人的基因淵源。接著，他又馬不停蹄地趕到南極，在那里，他看到戴安娜本體懷著孕，胎兒的心跳和他的腦電波竟然是同步的！更可怕的是，南極基地還藏著普羅維登斯“人類清除計(jì)劃”的原始毒株，一旦泄露，后果不堪設(shè)想。

最終的大決戰(zhàn)在柏林上演。11號(hào)和戴安娜的克隆體Ad - 11 - A1展開(kāi)生死對(duì)決。他沖進(jìn)地堡核心，毀掉了主腦矩陣庫(kù)中的胚胎母體，成功阻止了全球克隆體的瘋狂暴動(dòng)。經(jīng)歷了這么多生死戰(zhàn)斗，11號(hào)厭倦了打打殺殺的殺手生活。

戰(zhàn)后，11號(hào)選擇了一條全新的道路。他把蘊(yùn)含特殊基因的胚胎埋進(jìn)土里，隨著時(shí)間推移，這些基因慢慢改變了周圍的生態(tài)環(huán)境，長(zhǎng)出了各種奇怪又神秘的植物。漸漸地，金瞳少女等擁有特殊基因的孩子出現(xiàn)在世界上，他們不像11號(hào)那樣身上有條碼編號(hào)，不受任何人的控制和束縛，能夠自由自在地生活。11號(hào)也不再是那個(gè)冷酷的殺手，他成了一個(gè)守護(hù)新生命的“園丁”。他看著這些充滿希望的新生命在這片土地上成長(zhǎng)，守護(hù)著這場(chǎng)基因革命帶來(lái)的新世界，期待著未來(lái)會(huì)有不一樣的改變 。