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于是朱由檢派兆惠和莫爾根代青率八旗軍和索倫兵，駐扎在科布多一帶，嚴(yán)密監(jiān)視準(zhǔn)噶爾汗國(guó)的動(dòng)向，坐看噶爾丹和策妄阿拉布坦之間爭(zhēng)斗。

這策妄阿拉布坦果然有一些手段，積極與周邊的部落和勢(shì)力建立聯(lián)系。孤立噶爾丹，團(tuán)結(jié)一切可以團(tuán)結(jié)的力量。

他派遣使者四處奔走，與周邊的部落進(jìn)行談判和交流，向他們闡述噶爾丹的野心和威脅，爭(zhēng)取他們的支持和合作。在策妄阿拉布的努力下，越來(lái)越多的部落認(rèn)識(shí)到了噶爾丹的危險(xiǎn)性，紛紛選擇站在策妄阿拉布坦一邊，使得噶爾丹在蒙古各部中逐漸陷入了孤立無(wú)援的境地。

噶爾丹也不甘坐以待斃，糾集支持自己的部眾，與策妄阿拉布坦之間展開(kāi)了好幾場(chǎng)大戰(zhàn)，雙方互有勝負(fù)。

他們叔侄之間爭(zhēng)斗了數(shù)年，給準(zhǔn)噶爾汗國(guó)造成了巨大的傷害，牧民們每年忙于廝殺，互相仇恨對(duì)方，根本就沒(méi)有時(shí)間搞生產(chǎn)，牛羊一年比一年少，人口越死越多，實(shí)力愈發(fā)的衰弱。

策妄阿拉布坦有大明王朝的支持，日子還好混一些，但是噶爾丹就慘了。因?yàn)榇竺魍醭瘜?duì)準(zhǔn)噶爾汗國(guó)進(jìn)行封鎖，讓噶爾丹很少能夠得到補(bǔ)給，眼看就撐不住了。

漸漸的，策妄阿拉布坦占了上風(fēng)，噶爾丹的部下開(kāi)始成批的投降策妄阿拉布坦。而噶爾丹的部下也紛紛向明投誠(chéng)，包括他的侄子丹津鄂木布和杜噶爾阿拉布坦。

此時(shí)的噶爾丹已經(jīng)成了孤家寡人，手下兵馬不足三千，軍官不足百人。

公元1660年，明軍兆惠得到確切消息，和策妄阿拉布坦兩路出兵夾擊噶爾丹，消滅了其部下大部分人馬。

當(dāng)兆惠擒獲噶爾丹的時(shí)候，他身邊除了女兒鐘濟(jì)海，就只剩阿拉爾拜、格隆諾顏兩位軍官及不到百人。

此時(shí)的一代梟雄噶爾丹已經(jīng)是窮途末路，形同孤家寡人。

終于這場(chǎng)策妄阿拉布坦與噶爾丹之間的恩怨情仇，關(guān)于準(zhǔn)噶爾權(quán)力、利益與家族仇恨交織的殘酷斗爭(zhēng)，畫(huà)上了句號(hào)。

抓到了噶爾丹，朱由檢并沒(méi)有讓兆惠押往京城，而是命令在當(dāng)?shù)財(cái)厥资颈姡?hào)令天山南北，震懾諸國(guó)。