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到了長安，都分類條上。又收集漢朝舊事，應(yīng)當施用的都一一奏上。經(jīng)籍得以保全，王允有很大的功勞。

當時董卓還在洛陽，朝政大小，都托王允處理，王允惟命是從，董卓也信任王允，不生絲毫疑心。

王允借此時機，親自主持一些恢復(fù)王室和發(fā)展社會經(jīng)濟的具體事務(wù)。當時天子、朝臣及內(nèi)外，沒有人不依靠王允的。

蓋勛是當時朝廷的正義之土，自從董卓亂政以來，蓋勛不畏強暴，一直與他進行尖銳的斗爭。一次，董卓問王允：“不知誰最適合擔任司隸校尉？”

允回答說：“只有蓋勛最合條件?！彪m然明知董卓與蓋勛之間矛盾很深，但是，出于正義，王允毅然推舉了蓋勛。

在與董卓表面敷衍的同時，王允暗中積極組織和籌備反董卓的斗爭。

王允首先與司隸校尉黃琬、尚書鄭泰等人共同商議誅殺董卓的計策。

為了控制一定武裝力量，王允等人極力向皇上推薦、保舉護羌校尉楊瓚行使左將軍的權(quán)力；同時還舉薦執(zhí)金吾士孫瑞擔任南陽太守，并且讓他們借討伐袁術(shù)為名，帶領(lǐng)兵馬出道武關(guān)，實則為多路夾擊董卓做準備。

董卓心中懷疑，于是把他們留住。王允聽說后，便順從董卓的意思，引士孫瑞為仆射，楊瓚為尚書。

初平二年（191年）十二月，董卓為跟隨獻帝入關(guān)的人封侯賜爵，王允被封為溫侯，食邑五千戶。

王允本來想拒絕，士孫瑞對他說：“保持謙遜儉樸，也要取決于合適的時候。天子裂土封爵，是為酬賞有功之臣。

您與董太師并位一同受封，而獨自堅守高節(jié)，這豈是韜光養(yǎng)晦、不露鋒芒的方法呢？在下實在認為不妥?！?

王允一聽有道理，便受封二千戶。

初平三年（192年）春天，天下遭受嚴重的自然災(zāi)害，連續(xù)下了兩個多月的雨。王允和士孫瑞、楊瓚等人借登臺祭祀乞神降雨之機，緊急商議謀殺董卓的行動方案。

士孫瑞嚴肅地對他們說：“自從去年歲末以來，太陽陰晦不照，淫雨連綿不斷，這種暗無天日的日子應(yīng)該有個盡頭?，F(xiàn)在我們時機已基本成熟，如果不把握天機，先發(fā)制人，恐怕以后后患無窮啊！請你們認真考慮考慮?！?

王允很贊同士孫瑞的意見，決定伺機盡早行動，以圖董卓。

可是，董卓爪牙密布，戒備森嚴，而且他本人力大無比，兇殘毒辣，如果不采取萬全之策，一旦失手，恐怕后果難以設(shè)想。

王允認為，可以安插內(nèi)應(yīng)，里應(yīng)外合，殺他個措手不及。當時董卓的心腹呂布與王允同是并州人，王允在之前就厚待接納呂布。

董卓曾因少許失意，直接用手戟扔向呂布；呂布又與董卓的侍婢私通，擔心事情被董卓知曉，心不自安。

于是，呂布主動去拜訪王允，陳述董卓差點殺了自己的事，王允借機把誅殺董卓的計劃全部告訴呂布，并委他作內(nèi)應(yīng)。

呂布礙于自己是董卓的義子，對王允說：“奈何我與他是父子！”

王允說：“你姓呂，與他本來就沒有骨肉親情，如今你保全自己的性命還來不及，還說什么父子！董卓向你投擲手戟的時候，他對你還有父子之情嗎？”呂布被王允說服，于是決定助他誅殺董卓。