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王允少時好大節(jié)，有志為國建功立業(yè)，經(jīng)常誦讀經(jīng)傳，在早晚時練習(xí)馳馬射箭。后來，王允被朝廷三公同時征召，以司徒高第征為侍御史。從地方州郡遷到中央朝廷，這是王允人生道路的重大轉(zhuǎn)折，也為他實(shí)現(xiàn)忠心為國的政治抱負(fù)提供了廣泛的政治舞臺。

中平元年（184年），全國各地便爆發(fā)了聲勢浩大的黃巾軍農(nóng)民起義。

為了迅速鎮(zhèn)壓起義，東漢政府特別選拜王允為豫州刺史。王允征辟荀爽、孔融等名士擔(dān)任從事，并上書請求解除黨禁。

在討伐黃巾過程中，王允率兵大破黃巾軍的別帥，之后，和左中郎將皇甫嵩、右中郎將朱儁共同受降數(shù)十萬黃巾起義軍。

在受降過程中，細(xì)心的王允從農(nóng)民軍中搜查到一封中常侍張讓的賓客所寫的書信，信中涉及一些與黃巾軍有關(guān)的內(nèi)容。

張讓是當(dāng)朝掌權(quán)的大宦官，權(quán)勢很大，極受皇帝寵愛。王允也不計較利害關(guān)系，便把其中的具體細(xì)節(jié)全部揭發(fā)出來，并且寫成奏折上奏皇帝。漢靈帝指責(zé)張讓，張讓叩頭謝罪，但始終沒有被治罪。

張讓脫罪后，對王允心懷怨恨，一心想伺機(jī)打擊報復(fù)王允。第二年，朝廷下詔將王允逮捕下獄治罪。

不久，正好趕上朝廷大赦，王允免罪釋放，還復(fù)刺史原職。可沒過多久，王允又受征入朝，被捕治罪。

司徒楊賜素知王允的為人和品性，知道張讓是有意想置王允于死地，為了替王允開罪，讓他免受痛苦和屈辱，楊賜派手下人勸告王允說：“您因?yàn)閺堊尩氖拢辉拢ㄒ蛔饕话俣嗳眨┲g再次征召，兇禍不可估量，您應(yīng)當(dāng)深思熟慮?！?

王允手下有的從事好氣決勇，他們流著眼淚奉藥與王允。

王允厲聲說：“我為人臣，陛下賜罪于我，我應(yīng)當(dāng)服極刑以謝天下，豈能飲藥求死呢？”說完，便把酒潑倒在地上，起身走入囚車。王允到了廷尉那里，左右的人都催促處理其事，朝臣沒有不嘆息的。

大將軍何進(jìn)、太尉袁隗、司徒楊賜聯(lián)名向皇帝上書，說：“人君內(nèi)視反聽，則忠臣就竭誠以事；寬待賢者，夸耀他的才能，義士就更加嚴(yán)格要求自己。所以孝文皇帝采納了馮唐的意見，晉悼公原宥了魏絳的罪過。王允是按特選任用的。他誅除叛逆，撫慰歸順，不到一個月，豫州境內(nèi)掃清。正要列舉他的功勛，報請朝廷加爵賞賜，卻因奉事不當(dāng)，應(yīng)處極刑。責(zé)斥輕，處罰重，有失眾望。臣等位在宰相，不敢默不作聲。臣等實(shí)在認(rèn)為王允應(yīng)該蒙三槐之聽訟，以明忠貞之心?！?

于是，王允被判為減死罪一等。

這年冬天，又逢朝廷大赦，唯獨(dú)王允不在赦免之列。

三公要員繼續(xù)上書替王允主持公道。等到第二年，王允才被免罪釋放。

當(dāng)時，朝中宦官當(dāng)權(quán)，張讓閹黨憑借權(quán)勢橫行霸道，偶有小怨小忿，都會被他們害死。王允擔(dān)心會遭宦官迫害，只得改名換姓，離開都城洛陽，輾轉(zhuǎn)于河內(nèi)、陳留之間。