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后來袁紹在黎陽縣帶兵，將部隊駐扎在延津渡口，崔琰又規(guī)勸說：“天子如今在許昌，百姓的愿望支持順從朝廷的一方，我部不如謹守治境，向天子述職，以便安定這一地區(qū)。”

袁紹卻不聽從，于是在官渡大敗。

等到袁紹死后，他的兩個兒子互相爭斗，爭著想得到崔琰。

崔琰說自己有病，堅決推辭，因此獲罪，被關(guān)進了監(jiān)獄，依靠新野陰夔、陳琳營救，才免于一死。

建安十年（205年），曹操打敗袁氏后，兼任冀州牧，征召崔琰任別駕從事史，對崔琰說：“過去查核戶籍，可以達到三十萬之多，冀州可稱得上是大州了?！贝掮卮鹫f：“如今漢家天下分崩，九州分裂，袁氏兄弟同室操戈，冀州百姓露尸荒野。王師駕到，沒聽說先傳布仁聲，以擴充實力為當(dāng)務(wù)之急，這難道是敝州男女老少寄希望于明公的嗎？”曹操肅然動容，向他表示歉意。當(dāng)時賓客都大驚失色。

建安十一年（206年），曹操征討并州，留下崔琰在鄴城輔佐曹丕。曹丕照舊外出打獵，改換服裝、車輛，興趣全在追逐獵物上。

崔琰上疏規(guī)勸說：“曾聽說周文王不敢以打獵為樂，《尚書》記載此事以為后人借鑒；魯隱公外出觀魚，《春秋》因其非禮而譏刺之。這是周公、孔子的格言，兩部經(jīng)典所闡明的大義。夏桀無道，成為商朝的一面鏡子，《詩經(jīng)》說‘殷鑒不遠’；王者的疾日不該舉樂，《禮記》記載此事作為忌戒。這又是比較切近的得失成敗的事例，不可以不深思明察啊。袁氏家族富強，而其公子放縱，游玩作樂，極為奢侈，正義之舉天下不聞，明哲君子，頃刻間便欲離去，勇武壯士，不肯為其盡爪牙之用。這就決定了袁氏雖然擁有百萬民眾，地跨整個河北，卻沒有立足之地?，F(xiàn)今國家衰敗，恩惠的施予尚不普遍，男女百姓企望、想念德政。況且您父親親自參與戎馬征討，上上下下，操勞辛苦，世子您應(yīng)當(dāng)遵循正道，謹慎地使行為端正，思慮治國的最高戰(zhàn)略，對內(nèi)有所鑒戒，對外發(fā)揚高遠的節(jié)操，深加思索你太子的責(zé)任，寶貴你的身份。而您卻失了身份地穿著管理山澤園囿者的卑賤的服裝，急急地四處奔馳，身臨險地，志向只限于獵獲野雞兔子這類小小的娛樂，忘了國家社稷才是最重要的，這實在使有識者痛心啊。希望世子您燒毀獵具，舍棄行旅戎服，以滿足眾人的愿望，不讓老臣獲罪于天?！辈茇Т饛?fù)說：“從前奉悉您諄諄的教誨，要我燒獵具、棄戎服。如今獵具都已焚毀，戎服也已脫去了。以后再有類似的錯誤，還望您再次給我教誨?！?

建安十三年（208年），曹操做了丞相，崔琰又做了東西曹掾?qū)僬魇?。起初授予他東曹職務(wù)時文告說：“您具有伯夷的風(fēng)范，史魚的耿直，貪夫因敬仰您的大名而變得清廉，壯士因崇尚您的名聲而更加勉勵自己，這是可以作為時代表率的。所以授予東曹之職，你去履行職責(zé)吧?！?

建安十八年（213年），任命崔琰為尚書。這時尚未立太子，臨淄侯曹植有才華而且有愛心。曹操懷疑猶豫，發(fā)出信函命令在外地秘密訪探。只有崔琰信不封口答復(fù)說：“我知道《春秋》有長子當(dāng)立的大義，并且五官中郎將曹丕仁孝聰明，應(yīng)當(dāng)承繼大統(tǒng)。崔琰將用死來堅守這個原則。”曹植，本是崔琰哥哥的女婿，曹操十分贊賞崔琰的大公無私和高風(fēng)亮節(jié)，喟然嘆息，調(diào)其職為中尉。[5]

崔琰體態(tài)雄偉，聲音洪亮，眉目疏朗，須長四尺，很有威重的儀態(tài)，朝廷中人很是敬仰，而曹操對他也有幾分敬畏。崔琰曾經(jīng)推薦過巨鹿人楊訓(xùn)，說他雖然才能不足，卻清廉貞潔，遵守正道，曹操于是以禮征召了楊訓(xùn)。

建安二十一年（216年），曹操作魏王，楊訓(xùn)上表稱贊曹操的功績，夸述曹操的盛德。當(dāng)時有人譏笑楊訓(xùn)虛偽地迎合權(quán)勢，認為崔琰薦人不當(dāng)。崔琰從楊訓(xùn)那里取來表文的草稿一看，寫信給楊訓(xùn)說：“讀表文，是事情做得好罷了！時間啊時間，隨著時間的變化，情況也一定會發(fā)生變化的！”崔琰的本意是諷刺那些批評者好譴責(zé)呵斥而不尋求合于情理。有人卻報告說崔琰這封信是傲世不滿怨恨咒罵，曹操發(fā)怒說：“諺語說‘不過生了個女兒耳’?！皇莻€好詞?！畷凶兊臅r候’，意思很不恭順?！睆拇肆P崔琰為徒隸，派人去看他，崔琰言談表情一點也沒有屈服的意思。曹操的令文說：“崔琰雖然受刑，卻與賓客來往，門庭若市，接待賓客時胡須卷曲，雙目直視，好像有所怨忿?！庇谑琴n令崔琰死。[7]

亦有一說，崔琰的文集被人得到，攜帶的時候用布包裹。當(dāng)時與崔琰有過節(jié)的人看到這個場景，就到曹操面前誣告崔琰，說他的文章中暗自諷喻朝政，故不得公之于人。曹操聞言大怒，將崔琰關(guān)入大獄而后處死。[8]

本來，曹操性格忌刻，凡是他所不能容忍的人，如魯國人孔融、南陽人許攸、婁圭，都因仗著自己是曹操的老朋友，有所不恭被誅殺。其中崔琰最為冤屈，此后文人墨客為之伸冤。